果汁

無菌產品已經占領了單包裝（250毫升 ）果汁和飲料市場。這個市場正擴展到其它的產品生產線，包括牛奶飲料、酒、水以及西紅柿產品和一公升大包裝。

奶制品

瑞士的酸牛奶、無菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的臘腸包裝中經常用到無菌處理。

一些大型設施要求100,000級（ISO8和9級）以上。在美國，一家乳酪公司在愛達荷州杰羅姆建造了一個3,600萬美元，面積140,000 平方英尺的乳酪和乳清產品廠。該廠有4個主要加熱和通風系統可輸送高達每分鐘130,000立方英尺的過濾效率為95％的空氣，每小時換氣15到20次。車間采用正壓，空氣從加工區向外流。

啤酒、果汁和汽水無菌填裝工藝增加了ISO 5級（100級）和ISO 6級（1,000級）潔凈室。

傳統系統中隧道式巴氏消毒法對產品進行各種高溫處理，得到的產品在物理特性上發生變化。相比之下，對受控巴氏消毒法的無菌充裝采用較低熱處理，可在幾方面改進產品的質量。

在啤酒方面，可改進感官特性，例如香氣味風格和新鮮度。還可提高多數產品的穩定性，延長儲存期。而用于果汁，則避免了象管道巴式消毒法那樣受到長時間高溫處理，因而沒有造成營養損失。結果，香味、口味及顏色等感官性能都得到改善。

肉類加工

美國聯邦農業部一項研究表明，美國的即食肉制品差不多有5％都感染了單核細胞增多性李氏菌（Listeria monocytogenes），一種可以使人致命的食物傳染病菌，可導致敗血癥、腦膜炎或腦膜腦炎（meningo-encephalitis）——一種影響大腦和脊髓組織的疾病。對于孕婦來說，李氏菌屬可引起胚胎夭折和死產。 即食肉制品市場的擴大是增加對潔凈室技術需求的一個因素。瑞典是這一領域的先行者。

面包房

面包房現在正逐漸接受潔凈室技術。日本有許多這種例子。受神戶市的Nada Ward合作機構委托，一家建筑公司設計了一座通用食品廠。這一工廠有3000m2的建筑面積，是神戶市Rokko島上一個8層高的建筑，它使用了清潔技術。這個工廠生產幾種面包、糖果、大豆豆腐、面條和幾種傳統的日本食品。

糖果工業采用了生物潔凈室技術。新的、越來越復雜的、包裝新穎的糖果產品增加了對受控環境的需求（溫度、濕度、細菌的水平，等等），以及生產過程的自動化，以便保證良好品質和耐久性。

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